我們平常所用的多系統一般是這樣構建的：先安裝一套操作系統，再在此基礎上安裝另一套操作系統，啟動時用菜單進行選擇，我們暫時稱這種多系統為“菜單多系統”。本文要構建的多系統與之有本質的區別，兩系統間是完全獨立的，啟動時無啟動菜單，筆者將其稱之為“獨立多系統”。
劃分兩個主分區 用分區魔術師在硬盤上進行分區操作。要求創建兩個主分區，其它的邏輯分區任意。如果要構建包含Windows 98的獨立多系統，請將主分區之一設為FAT32格式，第一個邏輯分區也設為FAT32格式。
為方便後面的敘述，我們暫時設第一主分區、第二主分區、第一個邏輯分區的卷標分別是P1、P2、L1。如圖1所示。
安裝獨立多系統 用分區魔術師將主分區之一設置為活動分區，默認另一主分區將自動處於隱藏狀態。在活動的主分區之上安裝一套操作系統。
同理，將另一主分區設置為活動分區，默認已安裝了操作系統的那個主分區自動隱藏，安裝另一套操作系統。
不管在哪一活動分區下安裝操作系統，方法都與常規方法相同。但由於安裝一套系統時，另一系統所在的主分區已處於隱藏狀態，所以兩系統是完全獨立的，而且只能啟動處於活動狀態的主分區所安裝的系統。
為方便後面的敘述，我們將安裝到第一、二主分區下的系統分別稱為第一套系統、第二套系統。
分離切換工具 在任一系統下安裝完全版的分區魔術師，在其安裝目錄找出以下文件：PQBOOT.EXE、PQBOOTX.EXE、PQVXD.vxd、Pqboot32.exe、pqbw.exe、pqbw.rtc、pqpe.rtc。
分區魔術師的默認安裝目錄是“C:Program FilesPowerQuestPartitionMagic 8.0”，請將以上文件拷貝到第一邏輯分區的任一新建目錄下備用。為方便敘述，設新建的目錄名為“PQBOOT”。
快速切換多系統 默認設置下，啟動到任何一套系統下時，另一系統所在的主分區處於隱藏狀態，為此，不管啟動到哪一系統下，該系統所在分區的盤符將自動被標識為C盤，第一邏輯分區被標識為D盤。在後面的操作中，我們還要將兩個主分區都顯示出來，但不管怎樣，都只能啟動到處於活動狀態的主分區所在的系統下，它的盤符是C，另一系統所在的主分區的盤符將自動標識到硬盤分區的最後，也就是說，兩主分區之一為C盤，第一邏輯分區永遠將是D盤。
假設分區規劃如圖1所示，如果兩主分區都沒隱藏，第一、二主分區下安裝的分別是Windows XP、Windows 98，那麼，啟動到windows 98下時，第二主分區、第一邏輯分區的盤符將分別是C、D（注Windows 98不能識別NTFS分區）；啟動到Windows XP下時，第一主分區、第一邏輯分區、第二邏輯分區的盤符將分別是C、D、E，第二主分區的盤符是F。
不管啟動到哪一系統下，我們都可到 “D: PQBOOT”目錄下去運行“pqbw.exe”，得到圖2所示的界面。
在這一界面中，我們能清楚地看到兩主分區的卷標，每一主分區的當前狀態：即“Status”字段下的值，“Active”表示該分區處於活動狀態，當前工作的系統就在該分區下。選中另一分區，並選中“Restart”，再單擊“OK”，當前系統就會馬上關閉且PC重啟到另一系統下。另外，運行我們已拷貝到“D: PQBOOT”下的PQboot32和PQboot，也能實現以上功能，只不過PQboot32運行於Windows的命令提示符窗口，PQboot只能運行於純
DOS之下。這兩個命令都能帶參數運行，這就為我們用批處理來實現“一鍵轉換”提供了可能。下面以在第一系統下轉換第二套系統為例進行說明：
在第一套系統下建立一個批處理，其中只包含一個命令行：
D:PQboot32 /V: P2
再在桌面上為這個批處理創建一個快捷方式或指定一個快捷鍵，今後，只要運行該批處理，系統就會自動轉換到第二套系統下。
從一套系統備份或恢復另一系統
能運行於Windows窗口下的系統備份恢復軟件很多，如DriveImage-v7.0、snapshot、Acronis True Image，下面以Acronis True Image為例進行說明。
運行Acronis True Image，主界面如圖3所示。在圖3中雙擊“Create Image（創建映像文件）”後，就能在下一界面指定要進行備份的分區了，如圖4所示。硬盤上的所有分區包括隱藏分區都被識別出來了，我們可以對任意分區進行選擇。
選擇好要備份的分區後再單擊“Next”，下一界面如圖5所示，指定映像文件名和保存位置。軟件會自動為映像文件加上擴展名，“TrueImage”的擴展名是“tib”。
有了以上的備份，當一套系統出錯後，我們就能啟動到另一系統下進行恢復，只要在圖3中雙擊“Restore Image”即可，方法是先找出映像文件再指定要恢復到哪一分區即可。
