Windows XP支持FAT、FAT32和增強的NTFS等多種文件系統，在安裝Windows XP時，用戶可以做出選擇是采用FAT32文件系統還NTFS文件系統，不選擇NTFS的理由只有一個：那就是用戶還需要用到一個不能讀取NTFS分區的操作系統，如Win9x、MS-DOS等。
如果你想深切地體會Windows XP的全面功能，那麼強烈推薦你采用NTFS文件系統，Windows XP采用了NTFS 5的文件系統，增強的NTFS文件系統可以為用戶提供更新的增強功能。選擇了NTFS文件系統之後，用戶還可以對NTFS進行優化以提高系統性能。
一、簇的大小
根據NTFS卷要存儲的文件的平均大小和類型來選擇簇的大小，理想情況下，簇的大小要能整除文件大小（最接近的數值），理想的簇的大小可以將I/O時間降到最低，並最大限度地利用磁盤空間。注意無論在任何情況下使用大於4KB的簇都會出現一些負面影響，比如不能使用NTFS的文件壓縮功能及浪費的磁盤空間增大等。
有幾種方法可以判斷文件的平均大小，一種方法是從“開始”菜單，選擇“運行”命令，輸入cmd，然後回車進入命令提示符狀態，在命令提示符下輸入命令chkdsk，可以得到這個卷上的文件數和已經使用的磁盤空間，用文件數去除以已經使用的磁盤空間大小，就可以得到理想的簇的大小。
另一種方法是使用性能監視器，方法如下：從“開始”菜單中依次選擇“設置”-->“控制面板”-->“管理工具”-->“性能”命令，然後根據追蹤邏輯磁盤對象的平均磁盤字節/傳輸，使用這種方法可以得到更為精確的文件總和的大小和存儲在這個卷上的數據類型。
二、由FAT轉換而來的NTFS
從FAT轉換到NTFS的卷將失去NTFS的一些性能優點，主文件表MFT可能出現碎片，而且不能在根卷上設置NTFS的文件訪問權限。要檢查主文件表MFT上是否有碎片，可以用下面的方法：
從“開始”菜單中，依次選擇“程序”-->“附件”-->“系統工具”-->“磁盤碎片整理”，對一個驅動器進行分析，然後單擊“查看報告”，將報告信息拖動到主文件MFT碎片部分，即可查看總的MFT碎片。
把一個FAT轉換成NTFS後，簇的大小是512KB，增加了出現碎片的可能性，而且在整理碎片時需要花更多的時間，所以最好在最初的格式化時就選擇NTFS文件系統。
三、碎片整理
即使上面所提到的主文件表MFT沒有出現碎片，碎片整理也是必不可少的，當磁盤上出現碎片時，訪問一個文件時就需要磁頭做更多的運動，延長了讀盤時間，極大地影響了系統性能，因此使磁盤上的碎片維持在一個較低的限度是提高NTFS卷的最重要因素，經常的運行碎片整理程序非常有必要。
四、壓縮功能
NTFS的壓縮功能可以對單個文件、整個文件夾或者NTFS卷上的整個目錄樹進行壓縮，此舉可以幫助我們節省一定的硬盤空間，但是使用壓縮功能將會引起NTFS卷的性能下降，原因是每次訪問被壓縮的文件時，都需要對其進行解壓，比如要拷貝一個壓縮文件，其過程是：先解壓縮，再進行拷貝，最後再進行壓縮，大大地增加了CPU的運行時間。因此建議在硬盤空間足夠大的情況下，盡量不要使用壓縮功能。
