Windows Server 2012中，一些功能不再受到支持，或正在被刪除。這些功能大多只涉及代碼或直接在新操作系統上運行的應用程序，而不涉及與其它版本系統的互操作性。不過，也有例外，例如，如果你有一個舊的應用程序，當它試圖與新版本的服務器進行互操作時，你也期望得到相同的結果。
下面是一些在Windows Server 2012中被摒棄的主要功能（在TechNet上有完整的列表），這可能會影響跨服務器的兼容性或運行在其它服務器上的應用程序：
群集：摒棄了對32位群集資源DLL的支持。改用64位版本。而且如果一些應用程序使用群集自動化服務器（MSClus）COM應用程序編程接口（API），應該注意它已經改為一個名為FailoverCluster-AutomationServer的可選組件，默認情況下不安裝該組件。
數據庫：不再支持16位和32位ODBC以及Oracle和Jet Red數據庫，它們需要使用供應商自己的數據庫連接器。ODBC/OLEDB的支持可以用於SQL Server 2000以上的任何版本，對於這些版本或更高版本的SQL Server，需要使用SQL Native Client代替。對於SQL Server 7以前的版本，將無法獲得支持。這對使用SQL Server 6.5或更早版本的用戶，無疑是一個不好的消息。任何從Windows Server 2012到SQL Server 6.5（或更早版本）實例的連接都會報錯。
活動目錄：刪除了對使用活動目錄輕型目錄服務（AD LDS）作為身份驗證存儲的支持，以及對“資源組”的支持。
UNIX：很多UNIX子系統的特性都被摒棄了，微軟刪除了整個SUA POSIX子系統以及UNIX客戶端通常使用的行式打印機後台程序協議（LPDP）。如果需要使用微軟的UNIX特性，請考慮用Cygwin或MinGW等開源工具替代。
WMI：許多獨立的WMI提供程序都被刪除或摒棄：SNMP（SNMP本身已被摒棄）；以及活動目錄的WMI提供程序（改由Powershell管理）和Win32_ServerFeature API
最後，Windows幫助程序（winhlp32.exe）也已被刪除。自Windows Server 2008以來，它已經不再伴隨Windows Server一起交付給用戶了。更重要的是，微軟也不會提供一個下載地址來供用戶下載Windows幫助，這對於舊版本的Windows是可以提供的。（不過，Windows 8客戶端版本的Windows 幫助會在以後提供。）
