文件系統就是在硬盤上存儲信息的格式。在所有的計算機系統中，都存在一個相應的文件系統，它規定了計算機對文件和文件夾進行操作處理的各種標准和機制。因此，用戶對所有的文件和文件夾的操作都是通過文件系統來完成的。其中Windows 2000支持的文件系統包括：
？ 標准文件分配表( FAT )，運行Windows NT、Windows 95、MS - DOS或OS/2可以存取主分區或者邏輯分區FAT上的文件。
？ 增強的文件分配表（ FAT 32），這是在大型磁盤驅動器（超過512 兆字節）上存儲文件的極有效的系統，如果用戶的驅動器使用了這種格式，則會在驅動器上創建多至幾百兆的額外硬盤空間，從而更高效地存儲數據。此外，可使程序運行加快50%，而使用的計算機系統資源卻更少。
？ Windows 2000中推薦的文件系統（NTFS），只有運行Windows 2000或Windows NT的計算機才可以存取NTFS卷中的文件。
用戶在安裝Windows 2000 Server之前，應該先決定選擇哪一種文件系統。Windows 2000支持使用NTFS文件系統和文件分配表文件系統（ FAT或FAT 32）。本節以下內容將對以上的幾種文件系統作簡單介紹。
5.2.1 FAT文件系統
FAT文件系統最初用於小型磁盤和簡單文件結構的簡單文件系統。FAT文件系統得名於它的組織方法：放置在卷起始位置的文件分配表。為了保護卷，使用了兩份拷貝，確保即使損壞了一份也能正常工作。另外，為確保正確裝卸啟動系統所必須的文件，文件分配表和根文件夾必須存放在固定的位置。
采用FAT文件系統格式化的卷以簇的形式進行分配。默認的簇大小由卷的大小決定。對於FAT文件系統，簇數目必須可以用1 6位的二進制數字表示，並且是2的乘方，默認的簇大小見表5 - 2所示。通過使用命令行提示符下的format程序，用戶可以指定簇的大小。不過，用戶所指定的簇的大小必須大於表中給出的大小。由於額外開銷的原因，在大於511MB的卷中不推薦使用FAT文件系統。
如果用戶的計算機上運行的是Windows 95、Windows for Workgroups、MS-DOS、OS/2或Windows 95以前的版本，那麼FAT文件系統格式是最佳的選擇。不過，需要注意的是， FAT文件系統最好被用在較小的卷上。因為，在不考慮簇大小的情況下，使用FAT文件系統，卷不能大於4 GB。
