在計算機病毒出現的初期，說到計算機病毒的危害，往往注重於病毒對信息系統的直）接破壞作用，比如格式化硬盤、刪除文件數據等，並以此來區分惡性病毒和良性病毒。其實這些只是病毒劣跡的一部分，隨著計算機應用的發展，人們深刻地認識到凡是病毒都可能對計算機信息系統造成嚴重的破壞。
計算機病毒的主要危害有：
1．病毒激發對計算機數據信息的直接破壞作用
大部分病毒在激發的時候直接破壞計算機的重要信息數據，所利用的手段有格式化磁盤、改寫文件分配表和目錄區、刪除重要文件或者用無意義的“垃圾數據改寫文件、破壞CMO5設置等。
;磁盤殺手病毒（D1SK; KILLER），內含計數器，在硬盤染毒後累計開機時間48小時內激發，激發的時候屏幕上顯示“Warning!! Don'tturn; off; power; or; remove; diskette; while Disk; Killer; is; Prosessing！ （警告！D1SK; KILLER; ll1在工作，不要關閉電源或取出磁盤），改寫硬盤數據。被D1SK KILLER破壞的硬盤可以用殺毒軟件修復，不要輕易放棄。
2．占用磁盤空間和對信息的破壞
;寄生在磁盤上的病毒總要非法占用一部分磁盤空間。
;引導型病毒的一般侵占方式是由病毒本身占據磁盤引導扇區，而把原來的引導區轉移到其他扇區，也就是引導型病毒要覆蓋一個磁盤扇區。被覆蓋的扇區數據永久性丟失，無法恢復。
;文件型病毒利用一些DOS功能進行傳染，這些DOS功能能夠檢測出磁盤的未用空間，把病毒的傳染部分寫到磁盤的未用部位去。所以在傳染過程中一般不破壞磁盤上的原有數據，但非法侵占了磁盤空間。一些文件型病毒傳染速度很快，在短時間內感染大量文件，每個文件都不同程度地加長了，就造成磁盤空間的嚴重浪費。
3．搶占系統資源
;除VIENNA、CASPER等少數病毒外，其他大多數病毒在動態下都是常駐內存的，這就必然搶占一部分系統資源。病毒所占用的基本內存長度大致與病毒本身長度相當。病毒搶占內存，導致內存減少，一部分軟件不能運行。除占用內存外，病毒還搶占中斷，干擾系統運行。計算機操作系統的很多功能是通過中斷調用技術來實現的。病毒為了傳染激發，總是修改一些有關的中斷地址，在正常中斷過程中加入病毒的“私貨，從而干擾了系統的正常運行。
4．影響計算機運行速度
;病毒進駐內存後不但干擾系統運行，還影響計算機速度，主要表現在：
;（1）病毒為了判斷傳染激發條件，總要對計算機的工作狀態進行監視， 這相對於計算機的正常運行狀態既多余又有害。
;（2）有些病毒為了保護自己，不但對磁盤上的靜態病毒加密，而且進駐內存後的動態病毒也處在加密狀態，CPU每次尋址到病毒處時要運行一段解密程序把加密的病毒解密成合法的CPU指令再執行； 而病毒運行結束時再用一段程序對病毒重新加密。這樣CPU額外執行數千條以至上萬條指令。
;（3）病毒在進行傳染時同樣要插入非法的額外操作，特別是傳染軟盤時不但計算機速度明顯變慢， 而且軟盤正常的讀寫順序被打亂，發出刺耳的噪聲。
5．計算機病毒錯誤與不可預見的危害
計算機病毒與其他計算機軟件的一大差別是病毒的無責任性。編制一個完善的計算機軟件需要耗費大量的人力、物力，經過長時間調試完善，軟件才能推出。但在病毒編制者看來既沒有必要這樣做，也不可能這樣做。很多計算機病毒都是個別人在一台計算機上匆匆編制調試後就向外拋出。反病毒專家在分析大量病毒後發現絕大部分病毒都存在不同程度的錯誤。
;錯誤病毒的另一個主要來源是變種病毒。有些初學計算機者尚不具備獨立編制軟件的能力，出於好奇或其他原因修改別人的病毒，造成錯誤。
;計算機病毒錯誤所產生的後果往往是不可預見的，反病毒工作者曾經詳細指出黑色星期五病毒存在9處錯誤， 乒乓病毒有5處錯誤等。但是人們不可能花費大量時間去分析數萬種病毒的錯誤所在。 大量含有未知錯誤的病毒擴散傳播，其後果是難以預料的。
6．計算機病毒的兼容性對系統運行的影響
兼容性是計算機軟件的一項重要指標，兼容性好的軟件可以在各種計算機環境下運行，反之兼容性差的軟件則對運行條件“挑肥揀瘦，要求機型和操作系統版本等。病毒的編制者一般不會在各種計算機環境下對病毒進行測試，因此病毒的兼容性較差，常常導致死機。
;7．計算機病毒給用戶造成嚴重的心理壓力
;據有關計算機銷售部門統計，計算機售後用戶懷疑“計算機有病毒而提出咨詢約占售後服務工作量的60％以上。經檢測確實存在病毒的約占70％，另有30％情況只是用戶懷疑，而實際上計算機並沒有病毒。那麼用戶懷疑病毒的理由是什麼呢？多半是出現諸如計算機死機、軟件運行異常等現象。這些現象確實很有可能是計算機病毒造成的。但又不全是，實際上在計算機工作“異常的時候很難要求一位普通用戶去准確判斷是否是病毒所為。大多數用戶對病毒采取寧可信其有的態度，這對於保護計算機安全無疑是十分必要的，然而往往要付出時間、金錢等方面的代價。僅僅懷疑病毒而冒然格式化磁盤所帶來的損失更是難以彌補。不僅是個人單機用戶，在一些大型網絡系統中也難免為甄別病毒而停機。總之計算機病毒像“幽靈一樣籠罩在廣大計算機用戶心頭，給人們造成巨大的心理壓力，極大地影響了現代計算機的使用效率，由此帶來的無形損失是難以估量的。
