所謂系統目錄就是指操作系統的主要文件存放的目錄，目錄中的文件直接影響到系統是否正常工作，了解這些目錄的功能，相信對你更好的使用系統會有很大的幫助。以下介紹的目錄若不做特殊說明，在Win 98/ME系統下，它們在Windows目錄中，在Win 2000系統下，他們在Win NT目錄中。
All Users文件夾:
Win 98/ME所有用戶文件夾，裡面裡面包括系統缺省登錄時的桌面文件和開始菜單的內容。
Win 2000在Win 2000的系統目錄中沒有這個文件夾，Win 2000將用戶的信息放在根目錄下的Documents and Settings文件夾中，每個用戶對應一個目錄，包括開始菜單、桌面、收藏夾、我的文檔等等。
Application Data文件夾:
Win 98/ME應用程序數據文件夾。包括任務欄中的快捷方式，輸入法的一些文件等等。根據你系統中使用不同的軟件，該目錄中的內容也有所不同。
Win 2000在Documents and Settings文件夾中，每個用戶都對應一個Application Data文件夾，同樣每個用戶由於使用的軟件不同，目錄內容也相同。
Applog文件夾:
Win 98/ME應用程序邏輯文件目錄。邏輯文件是用來記錄應用軟件在運行時，需要調用的文件、使用的地址等信息的文件。要查看這些文件，用記事本打開即可。
Catroot文件夾:
Win 98計算機啟動測試信息目錄，目錄中包括的文件大多是關於計算機啟動時檢測的硬軟件信息。
Win ME該文件夾位於系統目錄的system目錄中。
Win 2000該文件夾位於系統目錄的system32目錄中。
Command文件夾:
Win 98/ME DOS命令目錄。包括很多DOS下的外部命令，雖說都是些小工具，但真的很好用，特別是對於系統崩潰時。
Win 2000這些DOS命令位於系統目錄的system32目錄中。
Config文件夾:
Win 98/ME/2000配置文件夾，目錄中包括一些MIDI樂器的定義文件。
Cookies文件夾:
Win 98/ME Cookies又叫小甜餅，是你在浏覽某些網站時，留在你硬盤上的一些資料，包括用戶名、用戶資料、網址等等。
Win 2000每個用戶都有一個Cookies文件夾，位於Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中。
Cursors文件夾:
Win 98/ME/2000鼠標動畫文件夾。目錄中包括鼠標在不同狀態下的動畫文件。
Desktop文件夾:
Win 98/ME桌面文件夾。包括桌面上的一些圖標。
Win 2000這個文件夾在系統目錄中也存在，同時在Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中還有"桌面"文件夾。
Downloaded Program Files文件夾:
Win 98/ME/2000下載文件文件夾。該文件夾包含顯示已打開的Web頁所需的文件，其中大部分文件是用來運行Web頁面上的動畫。
Drwatson文件夾:
Win 98/ME/2000華生醫生文件夾。本來華生醫生可以在系統發生錯誤時拍下系統快照，但這個目錄只有一個超文本文件。
Favorites文件夾:
Win 98/ME收藏夾文件夾。如果需要重新安裝系統，請備份這個目錄，這樣可以保留收藏夾中的內容。
Win200每個用戶都有一個Favorites文件夾，位於Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中。
Fonts文件夾:
Win 98/ME/2000字體文件夾。在這個目錄中可以添加刪除字體文件，也可以刪除一些不必要的文件而減少系統占用硬盤的空間。
Help文件夾:
Win 98/ME/2000幫助文件的文件夾，Windows有個好處就是有詳細的幫助文件，這個目錄裡面就包括很多幫助文件，遇到問題多看看幫助文件，對你會有很大的幫助。
History文件夾:
Win 98/ME歷史文件夾。IE浏覽器有一個功能可以自己記錄用戶浏覽過的網址，這個目錄就是用來存放這些網址的。
Win 2000每個用戶的歷史文件都是相互獨立的。位於Documents and Settings 文件夾的每個用戶目錄中Local Settings目錄裡面。
Inf文件夾:
Win 98/ME/2000安裝文件文件夾。在安裝驅動程序時，系統會提示我們指定相應的 Inf文件。要使用這些文件也很簡單，直接選取其右鍵菜單中的"安裝"即可。
Java文件夾:
Win 98/ME/2000和JAVA相關的一些文件夾。包括Classes和Packages兩個子文件夾，其中Packages中包含了一些壓縮文件和一些數據文件。在Win 2000中還包括Trustlib子目錄。
Sysbckup文件夾:
Win 98/ME系統備份文件夾。系統會自動備份注冊表以及系統文件，打包放在這個目錄下，需要恢復時只需要解開文件將其覆蓋會相應的目錄即可。
System文件夾:
Win 98/ME/2000系統文件夾。系統中的重要文件都放在這個目錄下，同時在安裝新軟件時也會向這個目錄中拷貝文件。由於這裡面很多文件是多個軟件公用的，在刪除軟件時提示要刪除這個目錄中的文件最好選擇不要刪除。
System32文件夾:
Win 98/ME/2000 32位的系統的文件夾，裡面包含了許多虛擬設備文件。同樣也是很重要，在對裡面的文件進行刪減時也要特別注意。
Tasks文件夾:
Win 98/ME/2000計劃任務文件夾，該文件夾包含已計劃的Windows任務。Windows將按照指定的時間來運行這些任務。
Temp文件夾:
Win 98/ME/2000臨時文件目錄。在系統和軟件的運行過程中會產生很多臨時的文件，就存放在這個目錄中。定期清理這個目錄中的文件，可以減少硬盤的垃圾。
Temporary Internet Files文件夾:
Win 98/ME IE下載文件緩沖區。使用IE浏覽器浏覽網頁時，系統會自動將浏覽過的網頁內容放在這個目錄中，當你再次打開相同的網頁時系統會從這個目錄中進行提取，這樣可以加快浏覽的速度。
Win 2000每個用戶都有一個Temporary Internet Files文件夾，位於Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中的Local Settings目錄裡面。
Web文件夾:
Win 98/ME/2000該文件夾中的文件主要是一些超文本模板、頻道的圖標和圖像等等。Windows系統中一些窗口的布局也是通過這裡面的文件來完成的。以前沒有覺得這個目錄重要，後來發現歡樂時光病毒就是通過感染這個目錄中的文件來達到破壞的目的。
友情提醒:由於系統目錄中的文件都很重要，所以在進行修改時要特別小心，如果你對系統不是太熟悉，建立你還是不要去動它們。
