如果通過以上的這個工具發現有問題的系統文件該如何處理呢？除了通過系統安裝盤來修復系統文件或者手工對文件進行修復外，在操作系統中還提供了另外一個有用的工具，即sfc命令。這個命令的功能跟文件簽名認證工具的功能類似，會對系統文件以及驅動程序的簽名合法性進行驗證。不過兩個工具還是有很大的差異。
一是外觀上的差異。sfc是一個命令行下面的工具，即沒有圖形化的管理向導。而文件簽名驗證工具則是一個圖形化的管理工具。所以從方便性上來說，文件簽名工具可能更容易上手。不過對於系統管理專家來說，圖形化界面與文本界面可能沒有本質上的差異。另外最重大的一個差異可能就是功能上的差異了。Sfc命令不僅會檢查系統文件與驅動程序簽名的合法性，而且還會自動修復檢測到有問題的文件。其修復的方式就是將任何被檢測到的不正確的文件都被自動替換為微軟版本的額外文件。由於在替換的過程中，不會對系統管理員有任何的提示，所以使用這個工具的時候會有一定的風險。為此筆者的建議是，系統管理員最好先利用文件簽名工具來查詢一下到底存在哪些有問題的系統文件或者驅動程序文件。如果確認這些文件被微軟版本的文件所代替沒有問題的情況下，在使用sfc這個命令行工具來自動修復有問題的文件。
如果在操作系統中，系統管理員部署了一些沒有經過簽名的系統文件。如果系統管理員認為這些文件是必需的，那麼最好不要冒然使用這個工具。如可以在使用這個工具之前，先將那些合法的但是沒有簽名的文件復制出來，然後在使用這個工具修復其他有問題的系統文件或者驅動程序。等到修復完成之後，再將這些合法的沒有簽名的文件或者驅動程序文件還原過去。另外由於這個運行這個工具風險比較大，為此在Windows7操作系統中做了比較嚴格的限制，必須作為管理員才能夠運行這個程序。注意這個管理員特質系統默認的administrator帳戶。也就是說，如果系統管理員建立了一個新帳戶，然後將這個帳戶加入到管理員組。此時這個帳戶就具有了管理員的身份，但是其仍然不能夠運行這個sfc工具。因為他不是系統默認的管理員帳戶。微軟在這方面的限制，主要是為了防止這個工具被濫用，從而影響其他用戶的應用程序。
另外還可以跟組策略結合來使用這個工具。如可以在組策略中配置在操作系統啟動的時候，自動運行這個工具。一般來說，如果Windows7操作系統只是作為客戶端來使用，那麼這是維持其穩定性的一個很好的選擇。但是如果其是作為服務器來使用，那麼筆者不建議這麼做。由於服務器對於企業信息化應用的敏感性（服務器出現故障所有相關應用的客戶端都會受到影響），所以只有在系統文件損壞或者驅動程序出現問題時才使用這個工具。並且在利用這個工具之前最好先使用簽名認證工具查詢一下可能有問題的文件。在必要的情況下，還需要先對服務器中的數據進行備份。以防止由於文件恢復故障而導致操作系統無法啟動。為此筆者認為sfc雖然是一個維護系統文件穩定的好工具，但是系統管理員還是需要謹慎使用。
