作為Internet上的FTP服務器，系統的安全性是非常重要的，這是建立FTP服務器者所考慮的第一個問題。其安全性主要包括以下幾個方面：
一、 未經授權的用戶禁止在服務器上進行FTP操作。
二、 FTP用戶不能讀取未經系統所有者允許的文件或目錄。
三、 未經允許，FTP用戶不能在服務器上建立文件或目錄。
四、 FTP用戶不能刪除服務器上的文件或目錄。
FTP服務器采取了一些驗明用戶身份的辦法來解決上述第一個問題，主要包括以下幾個措施：
FTP用戶所使用的用戶帳號必須在／etc/passwd文件中有所記載（匿名FTP用戶除外），並且他的口令不能為空。在沒有正確輸入用戶帳號和口令的情況下，服務器拒絕訪問。
FTP守護進程FTPd還使用一個/etc/FTPusers文件，凡在這個文件中出現的用戶都將被服務器拒絕提供FTP服務。服務器管理可以建立"不受歡迎"的用戶目錄，拒絕這些用戶訪問。
只有在服務器的／etc/passwd文件中存在名為"FTP"的用戶時，服務器才可以接受匿名FTP連接，匿名FTP用戶可以使用"anonymous"或"FTP"作為用戶名，自己的Internet電子郵件地址作為保密字。為了解決上述安全性的另外三個問題，應該對FTP 主目錄下的文件屬性進行管理，建議對每個目錄及其文件采取以下一些措施：
FTP主目錄：將這個目錄的所有者設為"FTP"，並且將屬性設為所有的用戶都不可寫，防止不懷好意的用戶刪改文件。
FTP/bin目錄：該目錄主要放置一些系統文件，應將這個目錄的所有者設為"root"（即超級用戶），並且將屬性設為所有的用戶都不可寫。為保證合法用戶可顯示文件，應將目錄中的ls文件屬性設為可執行。
FTP/etc目錄：將這個目錄的所有者設為"root"，並且將屬性設為所有的用戶都不可寫。將目錄下的group文件和passwd文件的屬性設為所有用戶只讀屬性，並用編輯器將 passwd文件中用戶加過密的口令刪掉。
FTP/pub目錄：將這個目錄的所有者置為"FTP"，並且將它的屬性設為所有用戶均可讀、寫、執行。
這樣經過設置，既保證了系統文件不被刪改，又保證了FTP合法用戶的正常訪問。
